谢邀。

首先，公司亏损可以按照分红比例来确定股东的承担比例，也可以按照股东的出资比例来承担，这个要看公司的章程是如何规定的，属于公司法自治的范畴，只要不违反法律的强制性规定，法律一般不会干涉。比如我国《公司法》第三十四条规定，股东按照实缴的出资比例分取红利；但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。《公司法》第八十一条第（九）项规定股份有限公司章程应当载明公司利润分配办法。可以看出，无论是有限责任公司还是股份有限公司，股东均可以通过公司章程来约定股东对公司亏损的承担比例。

其次，公司如果在公司章程中对亏损承担比例没有明确约定的话，那就只能按照法律的规定执行。也就是说，有约定先从约定，无约定从法律规定。按照一般的责权利相统一的原则，如果没有特殊约定的话，公司解散或破产清算时，亏损承担通常与公司分取红利的比例是相对应的。即按出资比例分取了多少红利，就要按比例承担多少亏损。

最后，对于题主所述的情况，两人合伙设立公司，双方已经明确了A占股60%，B占股40%，无论双方各自实际出资多少或者是否参与公司经营，这个股权比例结构是双方认可的，如果章程中没有规定具体的亏损承担比例的话，那股东就要按照这个比例承担亏损责任，当然这是以公司解散或破产清算为前提条件的，而且要以股东的出资额为限。

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